Василий родился 13 августа 1846 года. В 1852 году его отец основал в Елисоветопольской губернии селении Новоивановку где Василий проведёт своё детство и большую часть жизни.

Отец Василия —  Ефим Трефилович Клышников, был активным молоканином. Молокане – это русские люди, которые отказались от религиозной обрядности и старались строить свою жизнь исключительно на Библии, так как они понимали её. Вместе с обрядностью, они отвергли учение о духовном возрождении, крещении, хлебопреломлении. Спасались они праведной жизнью по Слову Божьему. Царское правительство в разное время по разному относилось к молоканам. Были времена жёстких преследований и ссылок. Молоканам разрешали селится в определённых районах в основном на окраинах Империи. Отец и дед Василия снискали большую славу среди молокан за своё благочестие и знание Священного Писания. Преследуемый царским правительством, Ефим Трефилович Клышников бежал из Тамбовской губернии в Закавказье, где жил и работал до самой смерти своей под чужим именем Василия Семеновича Иванова. Именно поэтому у его сына и внука двойная фамилия.